L’art du puzzle dans la recherche d’un vaccin contre le covid-19

La fondation FrancoSciences a pour objectif de constituer un réseau de chercheurs et enseignants-chercheurs francophones intégrés dans les universités néerlandaises, afin de mettre en perspective toute la richesse de la recherche bilatérale franco-néerlandaise.

Soutenue par l’Institut français des Pays-Bas depuis sa création en 2018, la fondation FrancoSciences a tenu le 26 mai un café-sciences sur la résolution des puzzles tridimensionnelles pour attaquer le visuel mené par Alexandre Bonvin, professeur en biologie structurelle computationnel à l’université d’Utrecht aux Pays-Bas.

Représenter la protéine du covid-19 pour mieux la combattre

Les protéines communiquent avec d’autres molécules et contrôlent ainsi la vie de notre corps. C’est également par ces interactions entre protéines que le virus Sars-Cov-2 – ou covid-19 – pénètre dans nos cellules et s’y arrime. Comprendre ce processus suppose de résoudre par de puissants et savants calculs une sorte de puzzle.

Si les chercheurs du laboratoire d’Alexandre Bonvin ne sont à l’origine pas spécialisés dans la recherche concernant les Syndromes respiratoires aigus sévères (SRAS), leurs travaux sont depuis plusieurs semaines mis à contribution – à la demande du gouvernement néerlandais – pour se focaliser sur la représentation spatiale de la molécule du covid-19. Leur expertise en biologie structurale se concentre donc sur la définition tridimensionnelle de la protéine responsable de l’arrimage du covid-19 sur le corps humain et de sa diffusion, par déformation et invasion de nos propres cellules saines.

Pour Alexandre Bonvin, il s’agit « de connaître la serrure pour trouver la bonne clé », c’est-à-dire de trouver le moyen d’y faire barrage par un traitement puis un vaccin. Ceci se pratique grâce à cette modélisation permettant le passage à la phase de tests en laboratoire des traitements. Ces expériences pourraient déboucher sur la découverte d’un nouveau médicament antiviral. Dans l’attente d’un vaccin, la réutilisation et adaptation BCG reste une stratégie intéressante, comme le fait de tester des médicaments existants, nommés « bloqueurs de protéase », qui empêchent l’arrimage des cellules du covid sur les cellules saines de notre corps.

Un résultat rassurant pour les chercheurs du laboratoire est par exemple le fait de trouver 7 des molécules du top 100 des molécules les plus fréquemment testées en Europe, dans le classement qui ressort de leurs calculs. Ainsi en est-il de l’Imatinib, deuxième molécule apparaissant comme la plus efficace dans leur classement qui est un inhibiteur de kinase utilisé dans le traitement des leucémies. Ainsi en est-il du Remdésivir triphosphate, classé numéro 5 des traitements les plus efficaces.

Un impératif, la science ouverte

Il est important de témoigner du cadre de recherche ouverte, qui rend accessible à tous les laboratoires privés ou publics les résultats des bases de données de calcul, et ceci en temps quasi réel. Aujourd’hui, 75 % des calculs effectués actuellement par les grands centres opérationnels déconcentrés sont dédiés à la recherche en lien avec le covid-19. Le gain de temps, grâce à cette priorisation sur ce secteur est de plusieurs mois, voire d’années complètes de recherche.

L’autre particularité notoire avancée par Alexandre Bonvin est la connexion entre les laboratoires de recherche en médecine humaine avec ceux de la recherche en médecine vétérinaire, très importante pour les corona et SARS en général. Grâce à ces tests les chercheurs modélisent les parcours de contamination d’un monde à l’autre, du monde sauvage au monde domestique, et inversement. Tous les chercheurs impliqués sont d’accord pour affirmer que « le travail en multidisciplinarité est essentiel dans le cadre du covid, et qu’ils trouvent 60% des ressources dans leur écosystème de proximité, les Pays-Bas et l’Europe ». Les publications scientifiques se succèdent elles aussi et restent très ouvertes actuellement, tous les laboratoires publics et privés jouant le jeu.

L’Europe accélère le processus de recherche de vaccin

L’Agence européenne des médicaments (EMA) basée à Amsterdam a chargé l’université d’Utrecht de constituer un observatoire (sources de données disponibles et leur représentativité) permettant d’apprécier l’efficacité et la sûreté des vaccins qui seront testés au sein de l’Europe et du niveau de couverture de la population. Le laboratoire d’Alexandre Bonvin fait partie de ce consortium public-privé et, comme les autres, bénéficie de subsides européens qui feront la différence dans cette course au vaccin.

Dans le jeu très dynamique de questions/réponses, qui s’ensuivit, la contamination entre les milieux animal et humain a été abordée plusieurs fois, et surtout d’animaux domestiques vers les humains. L’intervenant y a répondu de façon d’autant plus aisée qu’une échelle de contamination par type d’animaux avait été construite, avec les chiens, pangolins et visons particulièrement infectés, tandis que les chats et les hamsters le sont moins. En revanche la contamination par l’animal n’a pas été mise en évidence par la structure de la molécule.

 Plus d’informations sur la fondation FrancoSciences : https://francosciencespaysbas.com